Si es menor tu pareja está obligado a poner en conocimiento la situación aunque fueran indicios, pero en este caso es la manifestación expresa de la alumna (por lo que con más razón).
Él ha hecho lo correcto, ponerlo en conocimiento del centro.
La dirección del centro, ellos mismos o a través del orientador debe ponerse en contacto con los Servicios Sociales de la localidad para exponer el caso.
Esa es la forma más inmediata y más si acaba de dar la madre de baja. Algo por otra parte sospechoso.
Otra forma es mediante la hoja de notificación a los servicios de protección del menor de la comunidad autónoma. Esa hoja lo tienen los centros y deben rellenarla marcando los items de desprotección o riesgo detectados y enviarla al organismo competente de la comunidad autónoma. Al igual que la tienen los centros sanitarios por ejemplo.
Pero vamos todo esto lo debería de saber la dirección del centro, porque es la ley y la responsabilidad ante una sospecha de riesgo para un menor como ciudadanos y educadores. Por ello mismo ni tú pareja ni el centro tendría responsabilidad legal en caso de que fuera mentira. Ellos actuarían en base a lo que la ley marca que es poner en conocimiento en situación (obligados como ciudadanos y educadores) y ya los organismos competentes se encargarán de investigar y actuar en caso de ser necesario.