Temo decirte que no puedes ser autónomo y trabajar para una única empresa, eso se llama «falso autónomo» y es delito. Si tu empresa te permite trabajar desde España, deben darte de alta como asalariado. No creo que precisamente Bélgica tenga problemas con eso con la cantidad de gente que trabaja allí y reside en otro país. Además a tu empresa le saldrías más económica.