Mi opinión es que sólo los padres deben decidir en los asuntos de los hijos.
El «registrarla» en una religión me parece algo bastante serio como para hacer a la ligera. Personalmente me parece poco íntegro el bautizar o casarte por la iglesia si tú no eres creyente (solo porque lo quieren los abuelos, porque es más bonito, etc). De hecho, pienso que si yo fuera creyente me parecería una falta de respeto que la gente utilice la religión para este tipo de saraos.
Si lo que te apetece es hacer un encuentro de ambas familias puedes hacer una comida o excursión juntos, incluso decorando algún sitio y hacer la fiesta de «bienvenida» de la criatura. Y cuando sea mayor, si resulta ser creyente ya se bautizará por sus convicciones. Ánimo y enhorabuena por el embarazo!