Hola!
Otra en la misma situación que el chico, mi padre murió cuando yo tenía 16. Y es normal que en conversaciones, cuando estoy conociendo a alguien (no solo citas), alguien me pregunte por ellos de la forma más natural. Según mi ánimo puedo decir sencillamente que está muerto o a veces, si tampoco hace falta, lo omito, pero vamos no me ofende ni me produce rechazo. Como dice Athena, a mí también me incomoda cuando el otro se queda pillado, disculpándose o le da vergüenza. Lo entiendo perfectamente, pero a veces no sé cómo transmitirles que de verdad no pasa nada y no han hecho nada malo.
No te preocupes! Apenas lleváis un día sin hablar y lo de la despedida no tiene por qué querer decir nada. Aun así si finalmente no llega a más me cuadra que sea más bien porque solo quería un polvo que por tu comentario.