Yo tengo dos hipótesis:
Puede que el día que se fue de madrugada tu sientas que manifestante preocupación al preguntar si había llegado y ella percibió control, y eso la desencantó. Eso depende de muchas cosas, y no todas los cosas que puedas controlar: puede ser que le hayas escrito veinte veces cada cinco minutos, pero también puede ser que tenga ella experiencias pasadas que hagan que esos pequeños gestos le generen mal rollo.
Y también puede ser que ese día que de fue de madrugada no iba a su casa sino que a otro sitio. Que por eso se fastidió porque quisieras saber si habías llegado. Y tal vez en ese otro sitio podría haber pasado algo (fue a ver a otro, conoció a otro, etc) y sus sentimientos cambiaron y no ha tenido el valor de decírtelo (o incluso: está esperando que tú la dejes siendo borde contigo).
Tal vez no es nada de esto,pero fue lo que se me ocurrió.