Buenas.
Mi recomendación es que no lo hagas. Yo misma trabajo como «freelance» para la empresa de mi marido y a pesar de que no tenemos ningún problema, es un follón. Te regirás por otras reglas, puedes tener problemas de que no te paguen y demás y lo peor que te puede pasar como autónomo es tener deudas y no pagar la seguridad social. Además que si solo le facturas a ellos corres el riesgo de que te tachen de falsa autónoma y te pongan una sanción.
Otra cosa distintas es que quieras hacerte autónoma para esta empresa y otras más, pero para ellos solo no te lo recomiendo, ni mudándote ni sin mudarte.
Un abrazo