De todo esto yo sacaría dos cosas positivas. La primera que tu hijo entiende y le empiezan a gustar las matemáticas gracias a otra manera de enseñar.
Es una gran oportunidad para que el chaval entienda la situación. El hace todo bien, y porque alguien superior no quiere, no obtiene la recompensa que se merece. Cosa que le va a pasar a lo largo de su vida.
En cuanto a la nota, está en ESO, la nota no le vale para nada. La satisfacción de que la maestra diga que está todo bien, pero no a su manera debe llenarle más que un número, y eso también es labor tuya hacérselo ver.