Si le cuentas a tu amiga que te estás acostando con X, ella se va a enfadar (por mucho que se lo hubieras contado desde un principio, me da la sensación de que se habría enfadado igual) y vas a romper el pacto que tienes con X de no contar a nadie que os acostais. Yo no sé lo contaría, a no ser que ambos estéis de acuerdo en ello, ya que no es una situación que te afecte solo a ti.
El problema que veo es que tu amiga se está obsesionando con un chico que no quiere nada con ella. Creo que más que tú le digas nada, tendría que ser el chico quien se deje de indirectas y le diga de forma clara que no quiere nada con ella porque no está interesado en mantener nada (ni relación ni lío) con ella. De esa forma, a no ser que sea una persona tóxica, la chica dejará de «acosarle» y a lo mejor se empieza a fijar en otro.