Habla con tu hija. Puede que no se ala conversación más cómoda del mundo, pero es necesario que sepa cierros conocimientos mínimos.
No la regañes ni le prohíbas acostarse con su novio porque solo conseguirás que lo quiera hacer con más ganas y que lo esconda más. Tampoco le digas que intuyes que ya han mantenido relaciones sexuales.
Mi consejo es que simplemente le digas que como ya tiene cierta edad debe saber ciertas cosas como los anticonceptivos que hay, la prevención de ETS, como se pueden transmitir, el consentimiento, que nadie debe forzarla a hacer algo que no quiere… Y que siempre vas a estar con ella para ayudarla.
No se te ocurra hablar con su novio, lo tomará como una invasión de su intimidad y como si la estuvieran infantilizando. Además si hablas con su novio parece que das a entender que ella no tiene control sobre su propia vida sexual, lo que es un precedente nefasto para que ella sepa que puede dar o no el consentimiento cuando ella quiera.