Tú decides cómo educar a tu hijo y nadie debería meterse contándole si es verdad o no el ratoncito Pérez o los Reyes. Entiendo que ahora muchos padres optan por no contarles estas historias, pero estás historias no hacen daño al niño y un tío random que no tiene relación cercana con el niño ni con vosotros no debería decir nada.
Yo también le habría prohibido la entrada a mi casa a ese tío, ya no por el hecho de que le contara la verdad a tu hijo, sino porque no ha respetado vuestra crianza y ha defraudado a vuestro hijo simplemente por maldad, porque no ha ganado nada diciéndole la verdad. Puedes intentar hablar con tu hermana y explicarle tu punto de vista, pero si no lo quiere entender, ya se le pasará el cabreo cuando se de cuenta de que vale mucho más tener relación con su sobrino y con vosotros que la relación que pueda tener con ese señor.