Me extrañaría mucho que hayan matriculado a tu niña sin vuestro consentimiento.
Yo trabajo en secundaria y no sé si será exactamente igual, pero si solicitaste plaza en otro centro durante el periodo extraordinario y te fue denegada dicha plaza, el primer colegio tiene forzosamente que matricular a tu niña de oficio porque de lo contrario la niña se podría quedar fuera.
Puede también que se os haya sido concedida la plaza en el nuevo centro y este no haya solicitado al antiguo el traslado de matrícula y, al no tener constancia de ello, este tiene que matricular a la niña.
Así qu sin más datos, parece que el primer cole ha actuado correctamente.