Unas amigas, en un caso muy parecido, pusieron todo por escrito. La no propietaria de la casa pagaba unas reformas, y por escrito (notario, creo) contaba que si se separaban antes de x años, la propietaria tenia que devolverle una parte de ese dinero. Restando la parte de desgaste porque la casa era usada por las dos, y la reforma ya no seria reciente. Cuanto mas tiempo pasase, menos tendría que devolver, y a x años se consideraba que ya no tenía que pagar nada, porque esa reforma ya estaba amortizada. No se si me he explicado muy bien, pero no recuerdo los detalles.
Esta bien dejarlo todo atado. Y especificar claramente lo que le tendrías que pagar en caso de separación. Porque si os separais dentro de unos años, y ella se ha estado ahorrando un alquiler superior al gasto de la reforma, no sería justo que tuvieras que pagarle todo lo invertido.
Hay que pensar lo mejor, pero estar preparados para lo peor. Y así te ahorras conflictos ahora y en el futuro.