Mira, yo soy abogado de familia (o más bien lo he sido casi 10 años) y te digo unas pautas generales.
Si uno de los dos va a dejar de trabajar o lo planea con los hijos sin duda gananciales o participación.
Si los dos trabajáis por cuenta ajena y ganáis parecido da un poco igual, pero en separación de bienes os ahorráis posibles problemas a futuro y mantenéis vuestra independencia económica en mucho mayor grado.
Si uno de los dos es autónomo o tiene negocios o ambos lo tenéis separación de bienes sin ninguna duda y en las capitulaciones dejando claro la separación de dichos negocios (en el notario os explican como)
Luego ya una opinión más «polémica» pero si uno gana mucho más que el otro y vais a fundar una familia (trabajando el que gana mucho más por cuenta ajena) yo recomendaría gananciales por mantener, digamos, una igualdad mayor en la familia, pero esto ya es un tema más personal que legal… está claro que el régimen de gananciales favorece fundamentalmente a quien no trabaja o gana mucho menos que es quien suele «salir perdiendo» en lo personal cuando llegan los hijos, y a mi moralmente me gusta protegerlo.
Un saludo!