Hola! No soy muy entendida, pero si estás segura que tú firmaste tu contrato a 40h, puedes pedir tu informe de cotización y junto al contrato no creo que haya manera de que pierdas.
El tema de aceptar el dinero en B si te interesa, pues puede ser un acuerdo, pero debes estar muy segura de que nadie de la empresa lo sepa y te la puedan jugar, ya que ambas, tanto la empresa como tú podéis tener problemas (aceptar dinero en B es igual de delito)
Espero que todo se solucione y te den lo que te corresponde. Ánimo!

Si la denuncias ganas seguro. Y las consecuencias es que tu jefa paga una multa y tendrá que pagar las cotizaciones sociales por las horas que realmente trabajaste.
Siendo egoísta y pensando en ti mi recomendación es coge el dinero y exige que cotice por ti las horas que ha dejado de cotizar. Así tú te llevas las horas cotizadas que te mereces y ella se ahorra dinero porque en lugar de pagarle la multa a la inspección de trabajo te paga a ti (entiendo que te ha ofrecido menos de lo que realmente pagaría en concepto de multa). Las cotizacionesss va a tener que pagatlas si la denuncias así que aprovéchate y que te tenga dada de alta y cotizando hasta que hayas cotizados todas tus horas. Y la pasta quedatela. Si denuncias ella se va a ver jodida pero tú no vas a ver un duro.

Yo cogeria el dinero, en B y sin pruebas, y luego la denunciaria.

Yo denunciaría, es muy posible que le caiga una multa y tenga que pagar las cotizaciones que no ha pagado todos estos meses y eso te beneficie. Además por supuesto puedes reclamar el finiquito que te correspondería a 40 horas e incluso una indemnización por daños ya que esto te descuadra totalmente la economía. Si tienes dudas te recomiendo que vayas al sindicato CNT mas cercano que tengas y les comentes el caso. Y como consejo, graba las conversaciones porque en un juicio laboral si que se admiten como prueba. Yo volvería a ir a hablar con ella e intentaría que soltase todo por la boca con la grabadora del movil encendida en el bolsillo. Hay que denunciar, yo se que un dinero extra viene bien, pero eso es pan para hoy y hambre para mañana, porque los meses que tengas de paro vas a cobrar menos de lo que te corresponde y si sumas la cantidad que te faltaria, es posible que sea menos el dinero que te quieren dar en B, no cotizas lo mismo de cara a acumular años para la jubilación con 25 horas que con 40 y si denuncias, que lo tienes ganado seguro, le corresponde modificar eso. Si no se denuncia, la explotación no acaba nunca.