Le diría lo que ya he dicho otras veces en estos casos: no se trata de ser guapa, hay muchos rasgos más importantes!
Es lo mejor que puedes hacer por esa niña, que vaya oyendo esos comentarios para ahorrarle complejos y el hostión que se daría si después de años escuchando a los adultos valorar la belleza se da cuenta de que ella no la tiene.

Yo soy de las que no me gusta alabar la belleza, la tengan o no. Que manía con tener que ir diciéndole a las niñas que están guapas cuando se arreglan, aunque sólo sea un vestido o un peinado (y por tanto poco a poco hacerles calar que su objetivo en la vida es ser guapas e ir siempre arregladas)
Si sólo es con los que te parecen feos, como te han dicho, sal por la tangente y comenta sobre el vestido o sobre el peinado, no sobre la niña. Pero si realmente quieres hacer un cambio, comenta sobre sus logros, sus intereses o cualquier cosa que no tenga que ver con la belleza física.

No eres capaz de ver con buenos ojos a una niña a la que conocerás desde que nació? No tienes nada bueno ni cariñoso que decir? Además, das por hecho que a todo el mundo le va a parecer fea pero la belleza es subjetiva y, desde luego, le va a parecer preciosa a todo aquel que la mire con amor.