Pues depende mucho de tu forma de ahorrar.
A mi prorrateado no me va mal porque así ese extra lo meto cada mes a inversión. Es peor meter la extra 2 veces al año a nivel financiero ya que es mejor aportar poco a poco, así que yo lo preferiría prorrateado. Los caprichos como regalos de Navidad o vacaciones los ahorro del salario normal, nunca de la extra, si es que sobra después de ahorrar, así que ya ves que depende mucho de cada casa.
Lo que he vivido es que en trabajos donde el salario es una M te pagan prorrateado para que te des menos cuenta de la M que pagan, pero al final del año recibes la misma cantidad, así que da igual.