Hola! Te voy a contar mi experiencia, no como madre sino como alumna de un colegio religioso. Mis padres no son para nada creyentes, pasan completamente del tema religioso, es más, son de ideología de izquierdas. Cuando yo era pequeña decidieron matricularme en un colegio religioso por la calidad que se supone que tiene la educación. Tengo que aclarar dos cosas: la primera es que el barrio de donde procedo podía ser complicado en esa época (primeros años 90) y mis padres creyeron que en ese colegio había mejor ambiente de estudio. No se si será parecido el caso de tu amiga. La segunda es que simplemente era un colegio de monjas donde no nos inculcaban nada raro, ni nos hacían rezar ni nada de eso. No era del opus ni muchísimo menos. Simplemente había asignatura de religión y algunas maestras eran monjas (las mejores que he tenido, mujeres con una mentalidad súper avanzada para su generación y con una gran vocación por su oficio).
En respuesta a tu pregunta, yo nunca me he planteado que Dios exista ni lo bueno que es ni ninguna de esas cosas que se daban por hechas en el colegio. Me ha ayudado a no considerarlo algo malo ni algo de lo que reírse como veo que hace mucha gente. Es cierto que en el caso que comentas los valores que se fomentan en ese colegio son bastante chungos, pero igual tu amiga y su pareja les hacen entender a los niños que simplemente están en ese colegio para estudiar y que pasen de eso.
Por cierto, qué bien leer eso de que no le has dicho nada a tu amiga porque es asunto suyo. Últimamente no abunda demasiado la prudencia y parece que todos podamos opinar sobre todo.
Espero haberte ayudado.