Veo varias cosas.
El chaval tiene 13 años, pleno apogeo de las primeras experimentaciones y deseo sexual. Esto no significa que necesariamente le haya tocado a ella, pero como han dicho, puede haberse hecho una pajilla destrangis pensando que no se iba a dar cuenta o que no tiene edad para entenderlo, puede haber visto algún vídeo guarrete que le haya pasado alguien u online, puede estar toda la noche con el móvil metido mirando tetazas en instagram, mandándose audios con los amigos, etc.
O también puede ser que como ahora la diferencia de edad sí se nota porque él ha crecido, él haya hecho un comentario que no le haya hecho ni puta gracia a ella y ahora esté enfadada con él por cosas que ni siquiera tienen que ver con nada de lo que estamos especulando.
Hasta podría ser porque el nene le ha dicho que le gusta una chica o lo haya leído ella del whatsapp cuando hablara con algún amigo o algo y ella enfadarse porque le está haciendo caso a otra en vez de a ella que se supone que tienen una relación especial (no tiene por qué ser nada romántico en el sentido amoroso ni nada de eso, las relaciones de primos pueden ser muy cercanas).
Es que pueden ser mil cosas, por algún motivo no te lo quiere contar y creo que aunque te ha dicho varias veces que no pasa nada, deberías sentarte no de forma casual y explicarle que estás preocupada por el cambio de actitud que ha tenido con respecto a su primo. Que estás de su lado y necesitas saber si ha sido por algo raro que haya hecho él o una simple pelea.