Ceder es solo por no discutir, pero yo en tu lugar me mantendría firme porque lo que te han dicho es una falta de respeto
¿Cómo que se llevarán a la niña para bautizarla sin tu permiso? ¿perdona?
Sus creencias son igual de válidas que las tuyas, ellos tuvieron SU hijo y le bautizaron (y ahora es ateo, fíjate tu..) por tanto tu como madre puedes decidir no bautizar a TU hijo.
Y no creo que sea legal que lo hagan sin tu permiso pero ahí ni idea para aconsejarte pero en todo caso los que tienen la patria potestad sois vosotros y no los abuelos.