Hacer pis es muy diferente que hacer caca fisiológicamente hablando, los niños están acostumbrados a hacerlo de cuclillas o de pie -tumbados, hacerlo sentado es un cambio de puje, hasta que su cerebro no lo entienda va a seguir así, te recomiendo sentarlo y estar un ratito antes de dormir,animalo a empujar, pañal en las noches y paciencia, aún no está en una edad en la que deba de preocupar, es totalmente normal.