Dudo bastante que esté asociado lo que te pasa con la comida y las pastillas.
Lo de que una vez te siente mal algo que otras veces no, puede ser porque lo que te siente mal no sea el alimento como tal, sino alguno de sus componentes (la histamina, por ejemplo). En ese caso, por tomar un poco no te pasa nada pero conforme se va acumulando y pasa el límite es cuando te empiezas a encontrar mal. Al ser acumulativo es difícil asociar el malestar a un alimento, porque no es sólo un alimento lo que te sienta mal.
En mi caso, me pasaba como a ti, me hicieron pruebas y tengo síndrome de intestino irritable. La nutricionista me explicó lo que te he dicho. Hay cosas de las que puedo comer un poco y no me pasa nada, pero si me paso, me pongo super mal.