Descartando el plano psicológico, que creo que lo habéis descartado, yo miraría el tema de vegetaciones o exceso de mucosidad. Parece una tontería pero en la mañana bajan todas las secreciones formadas en posición horizontal y puede que se atragante con ellas.
Yo en la mañana soy incapaz de cepillarme los dientes porque me dan unas arcadas impresionantes. A un gran porcentaje de personas le ocurre igual.
Yo no le daría mayor importancia para que no se ponga nerviosa y le den más aún.