No dices por que han sido las broncas, también te digo, no entiendo por que has metido tan pronto a una pareja a vivir contigo teniendo un hijo de esa edad (si fuera mas peque tampoco hay que tener prisa) pero tu hijo esta aun saliendo de la adolescencia, es un edad delicada, al final es un casi adulto pero a la vez no del todo y de repente tiene en su casa a un señor que en cierta manera tiene mas voz en vuestra casa y eso trae problemas.
No veo el problema de tener una relación cada uno viviendo en su casa, sería todo más sencillo, tu hijo no vería afectado su espacio en casa y tu a la vez no tendrías que estar entre dos fuegos.
A mi me da que ha pasado algo gordo, donde tu pareja se ha excedido y tu hijo tiene razón en que has elegido el lado de tu pareja aun siendo claramente injusto para tu hijo.