Yo creo que tu jefe o no se entera o no quiere, lo deja en manos de otros y al final, por uno y por otro, la información correcta se queda por el camino.
Los contratos de interinidad, deben ser tal y como el que el titular del puesto deja, es decir, si a quien sustituyes estaba de 29 horas semanales, y el contrato pone eso, cotizas eso, el tiempo es el que es y se refleja de igual modo en el contrato y en la cotización, qué tal y como has comprobado en la vida laboral, coincide. Lo de que cobres tal y como te pagaron tus 40 horas de formación es un tema aparte. Ya que puedes cobrar menos trabajando más horas, y ahora por sustituir a otro cargo, adoptes sus condiciones, que son mejores que las que tenías en cuanto a €/h.
El caso, igual esperaban que no te dieses cuenta de la cotización, o más bien tu jefe va a lo suyo y o no se entera o no le interesa. Reclama el acuerdo que aceptaste para trabajar allí, a ver que pueden ofrecerte. Pero ya te digo que legalmente lo que se hace es que el sustituto tenga un contrato idéntico al de la persona que sustituye (también para que a ellos le bonifiquen la sustitución, sobre todo en casos de maternidades)