Hola, soy médica. Te cuento. Hay infecciones que se transmiten por contacto de la piel, por lo que el uso del condon no las evita (aunque obviamente puede reducir las probabilidades), como son el VPH o el herpes.
El VPH es causa necesaria para el cáncer de cérvix (cuello uterino). Es decir, no existe cáncer de cérvix sin VPH.
PERO eso no quiere decir que todas las infecciones por VPH evolucionen a cáncer. Hay muchas cepas, unas de más riesgo que otras, y un gran porcentaje de la población ha sido infectado alguna vez (por eso no se hacen estudios de VPH así como así). La mayoría de mujeres (hablamos de mujeres porque en hombres provocan enfermedades muchisimo menos frecuentes) lo eliminan solas, con su sistema inmune. En un pequeño porcentaje, el virus se queda ahí y empieza a provocar anomalías en las células de cervix (lesiones pre malignas) que evolucionan a cáncer. Por eso son tan importantes las revisiones y las citología de cribado rutinarias. Y la vacunación, por supuesto. Yo tengo 25 años y estoy vacunada, posiblemente tu hermana también lo esté (la vacuna cubre los tipos de VPH responsables de la mayoría de cánceres y verrugas).

La situación es complicada porque, yo entiendo que quieras proteger a tu hermana, pero realmente no hay mucho que puedas hacer, porque es su vida. Haz como yo con la mia: ofrecele toda la información sobre prevención de enfermedades y embarazos, y que ella tome las decisiones sobre su vida que considere adecuadas. La mía se sorprendió cuando le dije que aunque ella confiara en su novio y tomara la píldora, acababan de empezar a salir, así que se estaba acostado con él y con cualquier chica con la que él había estado antes.
Lo recomendable antes de dejar el preservativo en una relación sería es que ambos se hagan una serología, y si todo sale bien y va a haber exclusividad, entonces podría dejar de usarse.

Dices que tu hermana tiene muchas infecciones, pero no todas son iguales. Las candidiasis, por ejemplo, aparecen con cambios de pH (al cambiar de pareja, por ejemplo) y aunque no tengas relaciones. Si tiene vaginosis o tricomoniasis o cualquier otra cosa, entonces sí podría ser que su novio le haya contagiado algo. Las ETS suelen ser asintomáticas en la mayoría de hombres.