Hay personas que por costumbre borran todas las conversaciones tanto de Instagram como de WhatsApp, pero si solo borra las de esta chica, algo raro hay. Entiendo tu malestar.
Y lo único que puedes hacer es hablarlo con sinceridad no sin antes disculparte por haber visto su cuenta (para curarte en salud)
Y ojalá no sea nada por lo cual preocuparse.

Yo he reaccionado a stories con la cara de corazones y no quiere decir nada más salvo «me gusta mucho». Y borro conversaciones de Instagram, etc. Todos podemos llevar un poco de doble vida en RRSS y no pasa absolutamente nada. Y tu novio no tiene por qué hablarte de todas las conversaciones que él tiene en internet. No le has pillado con nada, no tienes ninguna prueba de nada, hurgar así en las RRSS de tu novio está mal. Esa no es una forma sana de estar en una relación.

A ver, obviamente estoy con el tema de no espiar conversaciones privadas pero, al menos tal como lo cuenta, a mí me da la impresión de que lo leyó por casualidad. Alguna vez me ha pasado el que mi novio me deje el móvil, salte una notificación de que le habla alguien y, como soy una manos de mantequilla, acabar abriéndola cuando lo que quiero es quitarla y que no estorbe. Con las mismas la cierro, pero a veces he leído una frase o dos sin querer. Quiero pensar que esto ha sido algo parecido.
Sea como fuere, lo normal es hablarlo. Sí es cierto que a alguna gente le agobia tener los chat abiertos y los borra (a mí me agobian, aunque yo lo que hago es archivarlos), pero si ese fuera el caso lo haría con todos o con la mayoría al menos. Que borre exclusivamente ese después de que vieras la conversación por accidente… Me da un poco que pensar.

Yo el que borre las conversaciones ya me da la mala espina. Si no tiene nada que ocultar y no es nada malo, por qué lo borra? Pues porque no quiere que lo veas

Ya que dices que tenéis una relacion de total confianza para hablar cualquier cosa, yo se lo diria (en persona por supuesto) y lo confrontaria. Un consejo: que no te haga el lío y no caigas en excusas baratas ni dejes que te haga quedar como una «loca»

¿Y qué crees que va a pasar si le preguntas? Te dirá que solo es una compañera con la que se lleva bien, que además también tiene pareja y que te quedes tranquila. Luego ya si es verdad o no, te quedarás sin saberlo de todas formas.
En las relaciones lo más importante es la confianza y el respeto. Tú no confías en él (de lo contrario no tendrías dudas) y le has faltado al respeto invadiendo sus redes sociales. Yo veo muy claro que la que falla en la relación eres tú.