Yo sinceramente, si es tu amiga, se lo contaría, otra cosa es que fuera una conocida o algo, pero si tengo sospechas de que a mi amigaa están engañando le contaré lo que se para que ella decida que quiere hacer.

Buenas
Es muy díficil, porque tu novio no vio quien era la persona que le mandó ese mensaje de quedar al novio de tu amiga. Puede ser otro amigo o algun familiar o que sea otra chica.
Lo unico que puedes hacer es coger a tu amiga y tantearle que estás a su lado para lo bueno y lo malo, y que sea ella quien te hable y te cuente y tú mostrarle apoyo y darle opinión.
Animo

Que facilidad tenéis algunas para meteros en vida ajena sin ningún tipo de certeza, sin que os lo hayan pedido y sin medir el daño que podéis hacer

Si es tu amiga (especialmente una cercana, que eso no sé), me parece que lo más correcto es decirle. En el caso que realmente la esta engañando, podrías ahorrarle un mayor malestar a futuro. Y no sólo por lo del novio, sino el que su amiga sabía y no dijo nada.
Intenta decírselo como lo hiciste por acá, de forma tranquila; diciendo que seguramente están malentendiendo el mensaje pero que por las dudas querías que lo sepa.

Yo se lo diría, así tal cual lo has puesto por aquí. Si es un malentendido se aclarará y si no, le servirá para estar alerta si no lo estaba ya.
Uno de mis mejores amigos vio al que era mi novio con otra chica por la calle muy pegaditos, le pareció raro y me lo comentó, empecé a tirar de hilos y de menudo prendas me libró.

Hola! Y si empiezas por tantear a tu amiga? En plan: oye he visto a fulanito super raro. Estáis bien?
Que te dice q todo genial, pues no avanzas. Que te dice que están raros pues le dices q a tu novio le pareció ver q le llegaba un mensaje para quedar cuando se fue… y ya está.
O (esto es un poco más retorcido) siempre puedes hacerte la víctima diciendo o preguntandole a tu amiga si al chico no le gusta vuestra compañía porque puso una excusa para irse y visteis q le había llegado un mensaje para verse con alguien.
Igual todo esto es q el chaval está incomodo y quería quedar con otra gente y no q le este poniendo los cuernos, no?

Es muy ambiguo todo y él lo tiene muy fácil para poner una excusa y dejarte a ti mal. Si quieres pillar a un infiel tienes que pillarlo de lleno o te lo negará todo y pondrá mil excusas. El mensaje se lo puede haber enviado cualquiera, puede haber estar serio por cualquier motivo (encontrarse mal como él mismo dijo, por ejemplo) y a la hora de meterse en una relación yo personalmente me lo pienso muy bien, siempre he apoyado a mis amigas pero lo que pasa dentro una relación al 100% solo lo saben los dos componentes de la pareja y opinar sobre una cosa tan personal teniendo información tan ambigua, bufff. Yo personalmente solo con lo que dices no me metía.